Agencje powstają najczęściej w oparciu o przepisy prawa handlowego, co do pewnego stopnia utrudnia kontrolę przez władze publiczne wniesionych przez skarb państwa czy władze gminne udziałów. W związku z wieloma przypadkami nieprawidłowości działania agencji, co wykazały kontrole NIK konieczne jest wypracowanie sprawnych procedur legislacyjnych, na podstawie których tworzone byłyby agencje przy jednoczesnej możliwości nadzoru publicznego tak, aby zapobiegać nadużyciom i marnotrawstwu środków publicznych.  

Poniżej znajduje się zestawienie dotacji z budżetu państwa dla państwowych agencji i fundacji na ich działalność statutową i biznes, o ile prowadzą też działalność zarobkową. W załączniku Nr 9 do ustawy budżetowej na 2001 rok ujęto jednostki, dla których zaplanowano dotacje podmiotowe, a w załączniku Nr 10 ujęto dotacje dla państwowych agencji i fundacji z udziałem Skarbu Państwa. Zaplanowana kwota dotacji dla agencji i fundacji wymieniowych w załącznikach Nr 9 i 10 wynosiła 2.923.041 tys. zł. W trakcie 2001 r. limit dotacji zwiększono o 270.000 tys. zł (do 3.193.041 tys. zł), tj. o 9,2%. Zwiększenie dotacji dotyczyło Agencji Rynku Rolnego (z 633.706 tys. zł do 903.706 tys. zł, tj. o 42,6%).

Dotacjeudzielone z budżetu państwa agencjom i fundacjom wyniosły w 2001 r. 2.983.787 tys. zł, tj. 93,4% planu po zmianach. W porównaniu do 2000 r. (2.377.433 tys. zł) dotacje były w ujęciu nominalnym wyższe o 606.354 tys. zł, tj. o 25,5%, a realnie wzrosły o 19,0%.

Dotacje przekazane agencjom i fundacjom w 2001 r. (2.983.787 tys. zł) stanowiły 1,7% łącznych wydatków budżetu państwa oraz 0,41% PKB (w 2000 r. odpowiednio 1,5% wydatków budżetu państwa i 0,33% PKB). Tak jak w latachpoprzednich, zasadnicza część środków skierowana została do Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa (54,4%) oraz do Agencji Rynku Rolnego (28,4%) na realizację ustawowych zadań w rolnictwie.

NajwyższaIzba Kontroli przeprowadziła kontrole w  następujących agencjach, wymienionych w załącznikach Nr 9 i 10 do ustawy budżetowej na 2001 r.:
Agencja Techniki i Technologii
Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, (cz. 20 . Gospodarka)
Agencja Mienia Wojskowego
Wojskowa Agencja Mieszkaniowa (cz. 29 . Obrona narodowa),
Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa (cz. 33 . Rozwój Wsi)
Agencja Rynku Rolnego (cz. 35 . Rynki Rolne)
Agencja Własności Rolnej Skarbu Państwa
Polska Agencja Prasowa S.A. (cz. 36 .Skarb Państwa)
Polska Organizacja Turystyczna (cz. 40 . Turystyka)

NajwyższaIzba Kontroli przeprowadziła również kontrole w następujących agencjach, nie wymienionych w załącznikach 9 i 10 do ustawy budżetowej, dla których dotacje przewidziano w częściach budżetowych:
- Państwowa Agencja Atomistyki (cz. 68 . PAA)
-Państwowa Agencja Restrukturyzacji Węgla Kamiennego S.A. (cz. 20 - Gospodarka), w zakresie wykorzystania dotacji przez podmioty górnictwa siarki i soli w 2001 r.
- Agencja Prywatyzacji (cz. 36 . Skarb Państwa), w zakresie wpływów z prywatyzacji.

Poraz kolejny NIK stwierdziła nieprawidłowości w działaniach agencji polegające na przyjmowaniu do planów nierealnych założeń zarówno w zakresie finansowym jak i rzeczowym. Mimo przewlekłego cyklu konstruowania planów i wprowadzania zmian jeszcze w ostatnich dniach roku, stwierdzono, że w niektórych przypadkach w planach nie ujęto wszystkich pozycji przychodów i wydatków oraz, że zarówno wykonanie dochodów, jak i wydatków znacznie odbiegało od planowanych, a niektóre zadania rzeczowe nie zostały wykonane. Ponadto stwierdzono brak dbałościo pozyskiwanie przychodów oraz małą skuteczność i zaniedbania w egzekwowaniu należności, a w zakresie wykonywania wydatków przypadki niegospodarności. Inne nieprawidłowości dotyczyły głównie uchybień w zakresie naruszenia przez agencje ustawy o finansach publicznych i ustawy o zamówieniach publicznych, niepełnego wykonania wniosków NIK po kontroli za 2000 r. oraz nadal małej skuteczności kontroli wewnętrznej.

Dotacjena ogół wykorzystywane były przez omawiane podmioty zgodnie z przeznaczeniem, a agencje wykonywały zadania statutowe, dla wykonania których zostały utworzone, jednak z uwagi na stwierdzone nieprawidłowości, NIK po raz kolejny zwraca uwagę na potrzebę zwiększenia nadzoru i kontroli przez dysponentów środków nad tymi jednostkami w celu terminowego i rzetelnego wykonywania zadań i wyeliminowania nieprawidłowości w zakresie gospodarowania środkami.

Dokońca roku rząd planuje zlikwidować lub zrestrukturyzować dziewięć agencji władz publicznych, aby odzyskać bezpośrednią kontrolę nad pieniędzmi, którymi zarządzają tego rodzaju instytucje, a jest to w sumie 124,6 mld zł, czyli 34 proc. wydatków budżetowych. Decyzję swą rząd argumentuje tym, iż chce dotrzymać danej obietnicy, która dotyczyła„tańszego państwa”. Mają zniknąć instytucje i urzędnicze etaty, ale zadania funduszy i agencji przejmą ministerstwa, więc pieniądze nadal będą wydawane na dotychczasowe cele. Zdaniem niektórych specjalistów zarządzanie tymi wydatkami będzie jednak bardziej przejrzyste. Dlatego wzywają oni rząd do determinacji w likwidacji agend, które wielokrotnie wsławiły się nadużyciami finansowymi.

Wojskowa Agencja Mieszkaniowa (WAM) i Agencja Mienia Wojskowego dysponują łącznie co rokuok. 297 mln. zł. Przeznaczane są na budowę mieszkań i wypłatę ekwiwalentu za rezygnację z kwatery. I WAM-u nie ominęły afery (sprzedażnieruchomości po zaniżonych cenach).

Agencja Modernizacji i Restrukturyzacji Rolnictwa od ośmiu lat wspiera inwestycje w rolnictwie iprzetwórstwie rolno-spożywczym. Jej budżet to 1 mld. 540 mln. zł. Ale czy z tych pieniędzy agencja wspierała tylko rolnictwo? Audytorzy Unii Europejskiej dopatrzyli się nieprawidłowości w kontrakcie, jaki zawarła ona w roku 1998 z koncernem Hewlett-Packard (HP) na system komputerowy IACS. W komisji przetargowej, która zaaprobowała kontrakt, zasiadał człowiek zatrudniony w HP. Do lutego br. agencją kierował Andrzej Śmietanko, który był też wiceprezesem Agencji Rynku Rolnego, która dostała z budżetu państwa ponad 600 mln. złotych. Według NIK ok. 60 proc. tej sumy wykorzystano niezgodnie ze statutem, np. na tworzenie spółek, z których agencja miała dochody.